З метою координації та зміцненню зв’язків університетської та академічної науки Інститут проводить наукову роботу в 5 науково-учбових комплексах, створених спільно з вищими навчальними закладами:

• «Економічна освіта і наука» спільно з Одеським національним економічним університетом (ОНЕУ, 2004 р.);
• «Економічна наука і освіта» спільно з Одеською національною академією харчових технологій (ОНАХТ, 2007 р.);
• «Інноватика у сучасній економічній освіті та науці» спільно з Одеським національним політехнічним університетом (ОНПУ, 2007 р.);
• «Екологічна економіка: освіта і наука» спільно з Одеським державним екологічним університетом (ОДЕкУ, 2008 р.);
• «Прогресивні технології та інструменти економічної науки і освіти» спільно з Національним університетом кораблебудування імені адмірала Макарова (НУК ім. Макарова, м. Миколаїв, 2008 р.).